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(1) 선하증권 양도와 부가가치세 과세문제
선하증권의 양도는 운송물을 인도한 것과 동일한 효력(화물상환증에 의하여 운송물을 받을 수 있는 자에게 화물상환증을 교부한 때에는 운송물 위에 행사하는 권리의 취득에 관하여 운송물을 인도한 것과 동일한 효력이 있다 : 상법 제133조).이 있으므로 수입재화가 부가가치세 과세대상인 경우에는 부가가치세가 과세된다. 다만, 면세대상인 경우에는 부가가치세가 면제 된다.(2) 과세표준의 계산
사업자가 보세구역 내에 보관된 재화를 다른 사업자에게 공급하고 해당 재화를 공급받은 자가 그 재화를 보세구역으로부터 반입하는 경우에 재화를 공급한 자의 과세표준은 그 재화의 공급가액에서 세관장이 법 제23조 제3항에 따라 부가가치세를 징수하고 발급한 수입세금계산서에 적힌 공급가액을 뺀 금액으로 한다. 다만, 세관장이 법 제23조 제3항에 따라 부가가치세를 징수하기 전에 같은 재화에 대한 선하증권이 양도되는 경우에는 해당 재화를 공급하는 자의 과세표준은 선하증권의 공급가액으로 할 수 있다(부령48⑧).